Det er liten tradisjon knyttet til skogstorkenebb som medisinplante, men man regner med at urten har de samme egenskapene som den nordamerikanske arten flekkstorkenebb (Geranium maculatum). Det betyr at det primært er plantens innhold av garvestoffer som gjør at den har medisinsk virkning. Skogstorkenebb er sterkt astringerende og antiseptisk, og på samme måte som flekkstorkenebb kan planten derfor brukes ved diaré, dysenteri og betennelser i magetarmkanalen. Skogstorkenebb kan også være aktuell ved kraftige menstruasjonsblødninger.

Utvortes kan skogstorkenebb brukes på blødende sår, og på hemoroider. Som munnvask eller gurglevann kan urten være effektiv mot trøske (sopp i munnhulen) og betennelser i munn og hals. Anvendt som dusj kan urten være nyttig ved kraftig vaginal utflod. I hudpleieprodukter kan ekstrakter av skogstorkenebb brukes som blodstillende og sårhelende ingrediens, og den kan muligens også bidra til å redusere rynker og porer i huden.