Øyentrøst har alltid vært assosiert med friske øyne, og fra det 11. århundre og fram til våre dager har urten blitt brukt til å behandle forskjellige øyensykdommer. Øyentrøst brukes både innvortes og utvortes for å lindre trette og blodskutte øyne, og til behandling av sti, øyeninfeksjoner som øyekatarr og betennelse i øyelokk-kantene. Øyentrøst kan også lette plagene med rennende, såre og kløende øyne som skyldes forkjølelse og allergier. Urtete av øyentrøst kan ellers være et brukbart middel ved bihulebetennelse, rennende nese og luftveisinfeksjoner.

Til øyendråper og kompresser bruker man helst en urtete laget av øyentrøst. Noen teskjeer fersk eller tørket øyentrøst kokes i 3-5 minutter med 2-3 dl vann, og filtreres så gjennom et kaffefilter. Det må ikke finnes partikler fra urten i væsken som skal brukes til skylling av øynene. Øyenvannet bør brukes umiddelbart mens det er sterilt, og kan anvendes både til øyebad og til å dyppe kompresser i ved lettere øyenbetennelser. I noen ferdigpreparater er øyentrøst kombinert med andre stoffer som skal bidra til bedre øyenhelse, for eksempel kamille, blåbær, rutin og hesperidin.

Svært like forskning er tilgjengelig når det gjelder øyentrøst. Selv om urten i århundrer har vært brukt som et middel mot konjunktivitt (øyekatarr) og blodskutte øyne, er dette for mange ikke nok til å kunne anbefale øyentrøst i moderne urtemedisin. Argumentet for å avstå å bruke øyentrøst er da at ingen av de vitenskapelige studiene som har vært gjort til nå har kunnet bekrefte noen av de påståtte virkningene av urten.

Øyentrøst brukes også i et homeopatisk preparat som kalles Euphrasia. Det lages av den friske planten i blomst, som hakkes og trekkes i alkohol. På samme måten som i den vanlige urtemedisinen, brukes homeopatisk øyentrøst først og fremst ved øyeplager som øyekatarr, betennelse i øyelokket, regnbuehinnebetennelse, sløret syn, lysømfintlighet og ved slim eller små sår på hornhinnen. Middelet brukes også ved allergier eller infeksjoner som rammer øynene og nesen, som høysnue og forkjølelse. Det kan også være virksomt ved øyeskade, eller når øynene er blanke og svir.