Både muskatnøtt og muskatblomme kommer fra muskat-treet, og disse to krydderene har nesten like medisinske egenskaper. Muskat brukes ikke så ofte medisinsk i Vesten, men desto mer som krydder i ulike matretter. I lav medisinsk dosering eller i kulinariske mengder er bruk av muskat risikofritt, men i større mengder er urten kraftig stimulerende, hallusinogen og giftig. Det er stoffet myristicin som har ansvaret for den hallusinogene virkningen. Misbruk kan føre til alvorlig hodepine, kvalme, svimmelhet og delirium. Inntak av så lite som to hele muskatnøtter har forårsaket dødsfall.

I vestlig og asiatisk medisin har muskat primært vært brukt som medisin mot fordøyelsesplager, inklusive kvalme, oppkast, diaré og matforgiftning. Noen kliniske undersøkelser antyder at muskat også kan være verdifull ved behandling av Crohns sykdom. Muskatnøtt har lenge vært ansett som et bra legemiddel mot eksem og gikt, og dessuten som et elskovsmiddel.

Av fruktene på muskat-treet utvinnes både eteriske oljer og en harpiks. Fra tørkede og markspiste muskatnøtter (markene spiser bort all stivelse og fettet) utvinnes en eterisk olje ved hjelp av vanndampdestillasjon. Den er klar eller svakt gul og har en søt, varm krydret duft. Av muskatblommen utvinnes en olje som også er klar eller lyst gul, og som har en lignende duft som oljen fra nøtten. Ved hjelp av løsningsmidler kan det fra muskatblommen også ekstraheres en harpiks, en oransjebrun seig væske med en frisk, kryddervarm og balsamlignende duft.

De eteriske oljene fra muskat brukes ofte som smakstilsetning i legemidler, særlig i smertestillende og styrkede midler. De har en bedøvende og stimulerende virkning på mage og tarm, øker appetitten og reduserer kvalme, oppkast og diaré, foruten at de kan lindre mange andre fordøyelseslidelser, som f.eks. magetarmkatarr. Utvortes blir muskatolje brukt mot revmatiske smerter, tannpine og dårlig ånde. Ellers brukes oljene i såper, lotions, rensemidler, kosmetikk, parfymer og hudpleiemidler. Eterisk olje av muskat virker lokalirriterende og stimulerer dermed blodtilførselen til det berørte området. Harpiks fra muskatblomme anvendes i eau de cologne og parfymer, særlig de som skal ha dufter for menn. Både oljene og harpiksen brukes dessuten i mange kategorier mat og i en del alkoholholdige drikker.